Se você usa o piwik para gerar estatísticas do seu site pode estar esbarrando em um problema com o script CRON archives.sh.
Este script é utilizado para gerar as estatístivas por CLI caso você monitore sites com grande movimento.
Estou utilizando e um ambiente Debian Squeeze e tive todo o tipo de dor de cabeça com o PHP 5.3 e PIWIK.
Primeiro precisei ajustar o uso da memória e seguindo dicas do site do PIWIK (http://piwik.org/faq/troubleshooting/#faq_131) fiz várias mudanças para tentar sanar o problema do SegFault.
Outra ação que você pode tentar, caso a correção e dicas do FAQ não sejam suficientes, é atualizar o PHP para uma versão mais recente, aliás, segundo o site do projeto o problema está no PHP e não da ferramenta.
Caso queria pode usar os pacotes do repositório dotdeb (http://www.dotdeb.org/instructions/) que oferecem o PHP 5.3.8 para squeeze.
Fica a dica.
[s]
Guto