Você já tentou mover a legenda de cima do filme – em arquivos com formato widescreen – e não teve sucesso mesmo procurando ajuda na extensa manpage do mplayer?
Pois é, eu também já passei por esta situação, mas fique tranquilo pois a solução é bem simples
normalmente eu assisto os filmes com o comando abaixo:
mplayer filme.avi -sub legenda.srt -subfont-autoscale 2
desta forma estou carregando o módulo padrão para saída de video (xv) e o módulo padrão para saída do audio (alsa), portando, a legenda vai para cima do filme e não tem choro nem vela para tirá-la de lá.
Para corrigir este desconforto basta utilizar um módulo de vídeo diferente do padrão como o módulo GL ou o módulo GL2.
mplayer -ao pulse -vo gl2 filme.avi -sub legenda.srt -subfont-autoscale 2
Assim você pode alterar a posição das legendas na tela utilizando a telca R e T, se o filme tiver formato widescreen você conseguirá coloca-la tranquilamente fora do filme.
[]‘s
Guto
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em 
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Gostei da dica.
[]‘s